- a -

• active : Chain, Residue, Atom
• atom : Residue
• atom_p : Protein, Chain
• attrib : XMLNodeContents

- b -

• bond : Atom
• bondAvailable : Protein
• bondCovalence : Atom
• bondNo : Atom

- c -

• cbEndTag : XML
• cbNewElement : XML
• chain : XNA, Protein
• chain_p : Atom
• chainName : Residue, Atom
• chainSeqlNo : Residue, Atom
• child : XMLNodeContents
• clear : XNAseq, Protein, Chain, Residue, Cofactor, XMLNodeContents
• cofactor : Protein

- d -

• d : XMLNode
• description : XNAseq

- e -

• emptyXMLAttribute : XMLNode
• emptyXMLClear : XMLNode
• emptyXMLNode : XMLNode
• endAtomSeqlNo : Chain, Residue
• endResidueSeqlNo : Chain
• error : XMLResults, XML
• extra : Atom

- h -

• hetatm : Cofactor
• homology : Residue
• homologyNo : Protein
• hydrophobicity : Residue, AAProperty

- i -

• id : XNAseq
• isDeclaration : XMLNode, XMLNode::XMLNodeDataTag
• isomer : Atom

- l -

• lpEndTag : XML
• lpNewElement : XML
• lpszClose : ClearTag
• lpszCloseTag : XMLClear
• lpszName : XMLNode::XMLNodeDataTag, XMLAttribute
• lpszOpen : ClearTag
• lpszOpenTag : XMLClear
• lpszValue : XMLAttribute, XMLClear
• lpXML : XML

- m -

• mapAtom : Residue
• mapChain : Protein
• mapResidue : Chain

- n -

• name : Protein, Chain, Residue, Atom, AAProperty
• name_1 : Residue, AAProperty
• name_all : Residue, AAProperty
• nAttribute : XMLNode, XMLNode::XMLNodeDataTag
• nChild : XMLNode::XMLNodeDataTag
• nClear : XMLNode, XMLNode::XMLNodeDataTag
• nColumn : XMLResults
• nFirst : XML
• nIndex : XML
• nIndexMissigEndTag : XML
• nLine : XMLResults
• No : Residue, Atom
• nText : XMLNode, XMLNode::XMLNodeDataTag

- p -

• pAttribute : XMLNode::XMLNodeDataTag
• pChild : XMLNode::XMLNodeDataTag
• pClear : XMLNode::XMLNodeDataTag
• pClr : NextToken
• pClrTags : XML
• phi : Residue
• pOrder : XMLNode::XMLNodeDataTag
• pParent : XMLNode::XMLNodeDataTag
• protein_p : Atom
• psi : Residue
• pStr : NextToken
• pText : XMLNode::XMLNodeDataTag

- q -

• query_end : hsp
• query_start : hsp

- r -

• record : Hetatm
• ref_count : XMLNode::XMLNodeDataTag
• residue : Chain
• residue_p : Protein, Atom
• residueName : Atom
• residueNo : Atom
• residueSeqlNo : Atom

- s -

• sbjct_end : hsp
• sbjct_start : hsp
• seq : XNAseq
• seqlNo : Chain, Residue, Atom
• SS : Residue
• startAtomSeqlNo : Chain, Residue
• startResidueSeqlNo : Chain

- t -

• text : XMLNodeContents
• TFactor : Atom
• totalAtomNo : Chain, Residue
• totalResidueNo : Chain
• type : XMLNodeContents

- w -

• weight : Atom

- x -

• xyz : Atom

---